很久以前，在一個小海灣的東頭住著京族漁民，西頭住著漢族漁民，中間住著海霸“花頭鯊”。

東頭有戶人家，只有父親阮大爹和女兒阿妹兩人，靠租花頭鯊的漁具打魚度日。阿妹17歲，美麗如海牡丹，從小跟父親練就一身打魚本領(lǐng)。阿妹的心上人武哥勤勞勇敢，可惜他的父母被花頭鯊害死了。

一天，阿妹獨自出海撈海參，見一條大鯊魚追逐一只五彩大龍蝦，就用魚叉刺死了大鯊魚。那大龍蝦就跳到她的小船里，變成了一個小姑娘。小姑娘說，她是海神的女兒，為了報答阿妹，就送給阿妹一顆鎮(zhèn)海珠，說鎮(zhèn)海珠能治人間百病、使人起死回生，但一旦落地就會變成泥沙。于是兩人結(jié)拜為姐妹，今后只要阿妹向南劃船九十九里，喊三聲“珊珠”，即可相見。

阿妹與出海來接她的武哥剛剛回到家中，她父親因為欠租被花頭鯊的大管家墨魚九一陣毒打，已經(jīng)奄奄一息。阿妹立刻把鎮(zhèn)海珠貼到父親胸口，馬上醫(yī)好了父親。

不久，島上發(fā)生了一場瘟疫，阿妹和武哥帶著鎮(zhèn)海珠到處救治窮苦鄉(xiāng)親。花頭鯊家里也得了瘟疫，他聽說長工二叔公病死又轉(zhuǎn)活了，就抓他拷問出鎮(zhèn)海珠治病的緣由。

于是花頭鯊就派人裝病倒在路邊，武哥見了就拿出鎮(zhèn)海珠給“病人”治病，不料被家丁搶走了鎮(zhèn)海珠，還抓了武哥。花頭鯊拿走了鎮(zhèn)海珠，要武哥說出使用方法。武哥飛起一腳踢落鎮(zhèn)海珠，鎮(zhèn)海珠頓時變成了一堆泥沙。兇殘的花頭鯊抓來全村老少作為人質(zhì)，限阿妹三天之內(nèi)交來鎮(zhèn)海珠，否則處死眾人。

阿妹只好再求珊珠要一顆鎮(zhèn)海珠，珊珠帶阿妹去求海神。憤怒的海神不但拒絕，而且還將珊珠關(guān)進(jìn)黑屋子，將阿妹變?yōu)橐恢缓ｚt。阿妹飛到黑屋子找到了珊珠，得知鎮(zhèn)海珠藏在深深的鎮(zhèn)海洞里。她趁守洞的蝦兵蟹將不留意，進(jìn)去銜走了一顆鎮(zhèn)海珠。她飛近海岸時，被海神發(fā)現(xiàn)了。海神一箭射落她口中的鎮(zhèn)海珠。于是阿妹又進(jìn)洞銜出一顆鎮(zhèn)海珠，快近岸時，又被海神射傷了翅膀，鎮(zhèn)海珠又掉落海里。阿妹再一次設(shè)法進(jìn)洞取得鎮(zhèn)海珠一顆，快飛回岸邊時，還是被海神的箭射穿了胸膛，她和鎮(zhèn)海珠一起墜入海中……

三天過去了，花頭鯊兇狠地下令砍去全村人的頭顱。這時管家墨魚九獻(xiàn)計說，最好將眾人從懸崖上推到海里讓海浪沖走，免得阿妹取回鎮(zhèn)海珠將這些死人救活。鄉(xiāng)親們于是被推進(jìn)大海。奇怪的是，海面上突然轟隆隆升起三座小島，鄉(xiāng)親們爬上小島就活了下來。一會兒，站在懸崖邊的花頭鯊這幫人腳下突然塌陷了，他們被卷入海中淹死了。

原來，這三座小島就是那三顆鎮(zhèn)海珠變成的，第一顆變成巫頭島，第二顆變成山心島，第三顆變成尾島。